LigandBox (201610_2): 化学構造検索

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クエリ分子の入力:
(1)分子ファイルのアップロード:
: SDF MOL2 PDB
(2)SMILES文字列の入力 :
(3)PDBの三文字表記の分子名（すべて大文字） :(such as "ATP, "PLP", "IRE", "G39",...)
(4)JSMEエディタによる分子構造の入力
ライブラリの選択 :
検索の詳細 ( MCSについて )
- MCS(最大共通部分構造)のタイプ:
  同型部分構造連結MCS(C-MCS)
  TD-MCS(theta=0) TD-MCS(theta=1) TD-MCS(theta=2)
  
  ・TD-MCSとは距離制限付き非連結MCS. thetaは許容する距離のずれ
- タニモト係数の下限しきい値: 0.9 0.8 0.7 0.6 0.5 0.4
- MCSを計算する最大化合物数: 100 1000 5000

類似化合物検索はプログラムkcombu(Kawabata T. Build-up algorithm for atomic correspondence between chemical structures. J.Chem.Info.Model., 2011,51, 1775-1787.)を用いて行っています。

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LastModified: 20170927

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・TD-MCSとは距離制限付き非連結MCS. thetaは許容する距離のずれ